食品安全是大众一直关注的问题，近年来，健康又具有功能性特点的天然原料深受供应商的青睐，益生菌作为天然原料之一，其安全问题同样受到关注。
目前市场上的主流益生菌菌株主要分离自健康人体和具有长期安全食用历史的发酵食品，大多数菌株被认为无致病性的共生微生物。
我国市场上使用的益生菌安全性已得到欧洲食品安全局、美国食品药品监督管理局、中国国家卫生健康委员会等权威机构的认可。
益生菌产品应用于健康消费者是安全的，然而对于某些患病个体，如严重感染或有免疫缺陷的病人，应遵照医生的建议谨慎使用。
根据国际上对益生菌菌株安全性评估的新进展和我国对益生菌安全性评价的需求，2018 年国家卫健委立项制定《食品安全国家标准 食品用菌种的安全性评价程序》工作，标准的制定将参考国际安全性评价的原则，用于指导我国益生菌市场使用菌种的安全性评价。
益生菌的安全问题主要表现在其可引起的菌血症、感染性心内膜炎等健康风险，且多发生于已有疾患的个别消费者，而这种风险发生、发展的因果关系尚未明确，通常认为正常人群食用益生菌是安全的。
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